A história das instituições de arte no Rio de Janeiro seguiu de perto as transformações políticas do país. Com o advento da República em 1889, o estabelecimento que se inicia como Real e se torna famoso como Imperial, perde os títulos ligados à corte e se torna Nacional. Ainda localizada no Rio de Janeiro, capital do novo governo republicano, a Escola Nacional de Belas Artes seria a nova face cívica de um regime que se iniciava com a necessidade de produzir seus símbolos, suas alegorias e seus lugares de memória.
Depois de um longo período ocupando instalações próximas ao Largo do Rocio (como o prédio construído a partir do projeto de Grandjean de Montigny), a Escola Nacional de Belas Artes consegue um espaço privilegiado na nova avenida traçada pela reforma urbana de Pereira Passos – a Avenida Central –, tendo seu novo prédio inaugurado em 1908. Com projeto do arquiteto espanhol Adolfo Morales de Los Rios e intervenções do escultor e diretor Rodolfo Bernardelli, a construção de estilo eclético era uma das principais edificações que representavam o novo momento da capital federal republicana. A partir de 1937, o prédio se tornou o Museu Nacional de Belas Artes e a escola passou a ocupar um pequeno espaço no interior da instituição.
Sem ficar alheia aos ímpetos modernizadores que surgiam no país, o ensino da Escola Nacional passou por uma série de modificações e reformas no seu currículo. Contraditoriamente, o responsável pela condução desse novo perfil foi o escultor e desenhista Rodolfo Bernardelli, um dos artistas mais vinculados à corte de D. Pedro II. Mesmo renunciando ao cargo de professor de estatuária da Academia após a ascensão republicana, Bernardelli foi convidado em 1890 por Benjamin Constant para assumir a direção – cargo que ocupou por vinte e cinco anos. Sua presença como artista e gestor produziu uma série de embates com outros nomes fortes de sua geração, como Antonio Parreiras e Vitor Meirelles, porém a marca de sua época foi definitiva na formação do campo artístico da cidade.
Se a gestão de Bernardelli produziu reformas administrativas e curriculares, do ponto de vista estético não realizou nenhuma grande ruptura com o perfil classicista que atravessou a Academia Imperial durante suas décadas iniciais. Apesar disso, entre 1888 e 1890, se estabelece uma polêmica entre os ditos “modernos” (com Bernardelli e Rodolfo Amoedo entre seus líderes) e os “positivistas”, ambos pleiteando transformações na estrutura da Academia Imperial, porém com perspectivas distintas. O primeiro grupo chega a fundar o Ateliê Livre, estabelecimento dissidente da perspectiva oficial do período. Localizado na Rua Sachet, próxima ao Largo de São Francisco, o grupo se inspira no modelo privado da francesa Academie Julian. Mesmo por breve período, conseguem ter significativo número de alunos e realizam exposições marcantes. O impacto desse trabalho viabiliza a direção de Rodolfo Bernardelli e a vice direção de Rodolfo Amoedo na fundação da nova Escola Nacional de Belas Artes.