O Morro da Conceição completa, com o Castelo, Santo Antônio e São Bento, o território inicial em que a cidade se delineou durante os três primeiros séculos. Seu nome deriva de uma ermida em homenagem à Nossa Senhora da Conceição, lar inicial dos beneditinos antes que se transferissem definitivamente para seu mosteiro, no Morro de São Bento. A ermida foi, posteriormente, doada aos capuchinhos e, na transição entre os séculos XVII e XVIII, a construção passou por uma grande reforma que a transformou em Palácio Episcopal – residência oficial dos bispos da diocese da cidade de 1702 a 1905.
Logo após as invasões francesas de 1710 e 1711 e por conta da posição estratégica do Morro da Conceição, que permite uma visão geral da Baía da Guanabara, a Coroa portuguesa incumbiu o Brigadeiro João Massé de projetar um novo sistema defensivo, que incluía a Fortaleza da Conceição. A Fortaleza foi, então, erguida no alto do morro, entre 1713 e 1718, e ficava localizada aos fundos do Palácio Episcopal. Com suas “36 bocas de fogo e mil balas de diferentes calibres”, constituía-se em uma das mais poderosas praças de guerra da cidade, formando, com as Fortalezas de Santa Cruz e São João, o complexo defensivo da entrada da baía.
A fortaleza teve seu funcionamento prejudicado pelas constantes reclamações dos bispos contra os tiros de canhão, que abalavam as paredes do Palácio Episcopal, seu vizinho, o que resultou em provisão real de 1718, proibindo a fortaleza de efetuar disparos.
Em 1765, a Fortaleza da Conceição foi transformada em “Casa de Armas”, para armazenar os armamentos das tropas coloniais. É desta época que data a construção do edifício conhecido como “capela” que, embora possuindo um partido formal típico da arquitetura religiosa daquela época, parece nunca ter sido utilizado para estes fins. Posteriormente a fortaleza foi acrescida com a Real Fábrica de Armas, extinta em 1831.
A Fortaleza da Conceição serviu, ainda, de prisão para alguns dos conjurados da Inconfidência Mineira, bem como de outros revolucionários dos movimentos de 1842.
No sopé do morro foi construída, por volta de 1696, a igreja de São Francisco da Prainha, no limite com a atual rua Sacadura Cabral, onde antes dos sucessivos aterros ficava a chamada Prainha, parte da Enseada do Valongo. Bem próxima está a Pedra do Sal, lugar de concentração de trapiches e armazéns envolvidos com o comércio de sal. Os estivadores que desembarcavam o sal e o distribuíam nos trapiches – muitos deles escravizados, até 1888 – esculpiram degraus na pedra, para facilitar sua atividade. Além disso, no século XIX os escravizados extraíam cortes da pedra, que eram utilizados na construção de ruas e do porto do Rio de Janeiro. A Pedra do Sal se tornou local de reverência à memória dos africanos que chegaram escravizados ao Brasil e, principalmente no século XIX, era comum que os estivadores se reunissem, após um dia de trabalho, nas casas das Tias Baianas para tocar o choro e o samba rural, conversar, comer e praticar seus cultos religiosos.
O Morro da Conceição, com suas ruas do Sereno, do Jogo da Bola, de Mato Grosso e a ladeira João Homem, seu conjunto de casas centenárias e suas edificações que remontam ao período colonial, exemplificam a singularidade e aparência dos modos de habitar a cidade desde o século XVIII.