O fim da União Ibérica, em 1640, foi acompanhado por guerras. As guarnições, organizadas por Salvador Corrêa de Sá e Benevides e auxiliadas por homens bons (homens ricos e influentes, muitas vezes, grandes proprietários de terras), lutaram em Luanda contra os holandeses, cravaram uma nova vitória e a cidade recebeu os vitoriosos com alegria. Entretanto, apesar da ajuda da Inglaterra, Portugal precisava de novas fontes de renda e voltou seu olhar para a colônia do Atlântico Sul, retomando a política fiscalista contra os interesses da colônia.
A primeira atitude foi aumentar os impostos sobre importações e exportações. O segundo foi criar a Companhia de Comércio do Brasil, em 1649. No entanto, houve insatisfação geral por parte daqueles que sustentavam a fortuna do Rio de Janeiro e esperavam novidades, depois que o título de “muy leal” deu a eles a condição de nobreza da terra e a cidade recebeu do Estado português a condição de irmã da cidade do Porto. As restrições da metrópole foram se multiplicando, e chegaram ao ponto de proibir a fabricação da cachaça, uma das maiores riquezas do Rio, para que os vinhos portugueses pudessem ter mercado aqui.
Salvador Corrêa de Sá e Benevides ocupou o governo da cidade em 1660 e, para espanto geral, assumiu a condição de colonizador, rompendo o pacto com os colonos e desencadeando a Revolta da Cachaça, que representou a primeira revolta contra a autoridade da metrópole e do governador. Depois da revolta, houve dificuldades para retomar o caminho da fartura financeira, que só se resolveram com a criação da Colônia do Sacramento, em 1680, e as descobertas do ouro na região das Minas.