E foi ali, na entrada da baía, mais precisamente entre os Morros Cara de Cão e Pão de Açúcar, que foi fundada a Cidade de São Sebastião do Rio de Janeiro por Estácio de Sá, em 1565. Antes dele, porém, os franceses ocuparam essas terras. Nicolau Durand de Villegagnon chegou em 10 de novembro de 1555. O encontro de franceses e portugueses criou as condições ideais para o surgimento de uma cidade renascentista em plena América. 

O século XVI já ia pela metade e, na Europa, as guerras religiosas faziam muitas vítimas. A confusão era grande, com perseguições e desconfianças por toda parte e  esse clima de incertezas acabou por abrir novas possibilidades. A ideia de uma república imaginária governada pela razão, que contrastava com a realidade cheia de conflitos da política europeia da época, é descrita por Thomas Morus no livro A Utopia, publicado em 1516. A realização desse sonho combinava com toda a mítica do Novo Mundo, ideia que embalou o comandante francês Villegagnon, assim como os projetos dos portugueses que aqui chegaram.

Mem de Sá – terceiro governador-geral do Brasil e irmão do poeta português renascentista Sá de Miranda – e Villegagnon escolheram a Baía da Guanabara para fundar suas cidades imaginadas: o francês queria criar Henriville, em homenagem ao rei da França, Henrique II e o português chegou com a missão de fundar a cidade São Sebastião do Rio de Janeiro, também em homenagem a seu rei, Dom Sebastião.

Villegagnon construiu Henriville na Enseada do Flamengo, próximo à Aguada dos Marinheiros (ou foz do rio Carioca), por volta de 1556, um aldeamento que nunca chegou a se tornar uma cidade. Já Estácio de Sá, em 1565, fundou o seu núcleo nas bordas do Morro Cara de Cão e sua cidade surgiria completa, com igreja e habitações, com as autoridades todas nomeadas e com uma légua e meia de terra doada aos colonos. O rito fundador foi concluído pela concessão de sesmarias aos jesuítas e aos povoadores. Assim nasceu a cidade que foi pensada como projeto futuro, como uma cidade ideal que se concretizaria no porvir.